(1) Protimikrobni peptidi žuželk: Žuželke predstavljajo največjo skupino organizmov in število protimikrobnih peptidov, ki jih proizvajajo, je ogromno. Do danes je bilo identificiranih več kot 200 vrst protimikrobnih peptidov žuželk v osmih redih, vključno z Lepidoptera, Diptera, Coleoptera in Odonata; samo iz sviloprejk (*Bombyx mori*) je bilo izoliranih 40 protimikrobnih peptidnih genov.
(2) Protimikrobni peptidi sesalcev: Protimikrobni peptid cekropin P1 za sesalce je bil prvič izoliran iz tankega črevesa prašiča leta 1989. Trenutno je bilo vsaj 18 vrst izoliranih iz prašičev, 30 iz ovac in 30 iz goveda.
(3) Protimikrobni peptidi dvoživk: dvoživke imajo golo kožo, ki služi več funkcijam. Njihovi kožni izločki vsebujejo široko paleto bioaktivnih peptidov z različnimi biološkimi aktivnostmi; večina teh kaže protimikrobne lastnosti. Ker predstavljajo starodavno in učinkovito obliko naravne obrambe, jih na splošno uvrščamo med protimikrobne peptide.
(4) Protimikrobni peptidi iz rib, mehkužcev in rakov: Pardaxin, peptid s 35-amino-kislinskim-ostankom, izoliran iz Mojzesovega lista (*Pardachirus marmoratus*) leta 1986, je bil prvi protimikrobni peptid, izoliran iz rib, ki ima amfipatsko, kationsko -vijačnico struktura, sposobna permeabilizacije membrane. Deluje kot ionski nevrotoksin in razvili so vrsto derivatov peptidov, ki kažejo močnejšo protimikrobno aktivnost-in manjšo hemolitično aktivnost kot melitin.
(5) Rastlinski protimikrobni peptidi: Rastline proizvajajo tudi protimikrobne peptide, ki so strukturno podobni defenzinom, ki jih najdemo v žuželkah in sesalcih; ti so znani kot rastlinski defenzini. Večina rastlinskih protimikrobnih peptidov je zelo aktivnih proti rastlinskim patogenom, čeprav nekateri kažejo tudi toksičnost za Gram-pozitivne in Gram-negativne bakterije, glive, kvasovke in celice sesalcev. Tionini so bili prvi protimikrobni peptidi, izolirani iz rastlin.
(6) Bakterijski protimikrobni peptidi: znani tudi kot bakteriocini, vključujejo kationske in nevtralne peptide in jih izločajo Gram-pozitivne in Gram-negativne bakterije. V bakterijah so identificirali štiri vrste protimikrobnih peptidov: bacitracin, gramicidin S, polimiksin E in nizin.
